Los fines del IPNA son la investigación científica y tecnológica, la transferencia de conocimiento a la industria y a la sociedad, la formación de personal investigador y la divulgación de la ciencia a la sociedad.

El IPNA se funda en 1990, año en el que se acordó la fusión de dos centros propios, el Instituto de Productos Naturales Orgánicos (IPNO) y el Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología (IRNA), el primero del ámbito de Química y Tecnologías Químicas y el segundo perteneciente al área de Ciencias Agrarias.

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